Le programme contenait notamment les interrogations suivantes :
1- La soumission aux lois de l'Etat en matière civile et politique est-elle un devoir religieux ?
2- La polygamie et le divorce sont-ils généralement consacrés et licites chez les Ebreux ?
3- Leur est-il permis de répondre aux appels du service militaire, de cultiver la terre, de s'occuper de travaux mécaniques ?
4- Les juifs regardent-ils les chrétiens comme frères ou comme étrangers ?
5- L'usure est-elle autorisée à l'égard des nations étrangères ?
Les choses n'allèrent pas aussi aisément qu'on l'aurait cru. Les députés Juifs, sans caractère religieux, estimaient sans doute qu'il fallait tout promettre, quitte à ne rien tenir après, mais les rabbins paraissent avoir été animés de certains scrupules et avoir voulu défendre intégralement la vieille loi mosaïque qui n'assimile jamais le chrétien, le goy, le nacri à un Juif (1),
Un document des Archives : Note sur le Conseil des Ministres, séance du 5 septembre 1806, indique certaines difficultés intérieures (2).
Il y a dans l'assemblée quinze rabbins, si ce nombre ne suffit pas, on en peut faire venir trente autres. On joindrait à ces quarante cinq rabbins trente des principaux membres de l'assemblée, et ces soixante et quinze individus formeraient le Sanhédrin, mais l'assemblée telle quelle est resterait en entier, elle serait seulement augmentée de trente rabbins nouvellement appelés...
Ce grand nombre encouragerait les rabbins timides et agirait sur les rabbins fanatiques, en cas de résistance extraordinaire, en les plaçant entre la nécessité d'adopter les explications ou le danger d'un refus dont la suite serait l'expulsion du peuple juif.
Ces querelles de famille conduiraient vraisemblablement au but qu'on se propose.

Mais avant de faire venir, pour mettre l'assemblée dans le cas de former dans son sein le grand Sanhédrin, un nombre aussi considérable de rabbins, il faut s'assurer si les quinze rabbins, députés actuels, seront de l'opinion des réponses faites aux questions et à quel point ils tiennent à des vues théologiques.
Il serait, en effet, fort ridicule de faire venir à grands frais trente nouveaux rabbins pour déclarer que les juifs ne sont pas les frères des Français.
Il y eut certainement force négociations secrètes pour arriver à une entente. La lettre adressée à l'Empereur, à la date du 1er avril 1806, par Molé chargé de cette épineuse affaire, en fait foi.
Ayant reçu de quelques juifs des ouvertures délicates et confidentielles, que je crois de nature à être soumises directement à Votre Majesté, j'en sollicite un moment d'audience particulière.
Je la supplie de ne voir dans ma demande qu'une preuve de mon zèle ardent pour son service et de mon profond désir de seconder ses desseins dans la mission qu'elle m'a confiée.
Sire, de votre Majesté impériale et royale, le très humble, très dévoué et très fidèle sujet,
Math. Molé.
A la suite de ces pourparlers, les réponses de l'assemblée générale des députés juifs, conformes à celles que l'Empereur attendait, ayant été arrêtées dans les séances des 4,7 et 12 août, M. Molé prit la parole le 18 septembre, pour annoncer la convocation du grand Sanhédrin. La mission de ce Sanhédrin, composé de soixante-dix membres sans compter le président, devait être de convertir en décision doctrinale les réponses déjà rendues par l'assemblée.
« Sa Majesté, avait dit Molé, a voulu qu'il ne restât aucune excuse à ceux qui ne deviendraient pas citoyens, elle vous a assuré le libre exercice de votre religion et la pleine jouissance de vos droits politiques, mais, en échange de l'auguste protection qu'elle vous accorde, elle exige une garantie religieuse des principes énoncés dans vos réponses. »

 E. Drumont - La France juive, Tome I (extrait 50)

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(1)     Un rabbin qui avait concouru avec Grégoire, Zalkind Bourwitz dit expressément :
« le Talmud défend seulement de voler l'étranger,(le nacri), mais il permet de profiter de son erreur. »
Or, il est facile de comprendre qu'entre profiter d'une erreur et induire un gogo en cette erreur le chemin n'est pas long, Bischoffsheim n'a pas, à proprement parier, volé le nacri dans l'emprunt du Honduras, il a profité de son erreur, seulement il avait rédigé des prospectus pour lui faire concevoir cette erreur.
(2) Archives nationales : A. F.IV